天然珍珠和养殖珍珠很难鉴别。它们的外观特征基本相似，仅靠肉眼观察很难区分，用仪器鉴定也比较复杂。
目前有比重法、锥孔法、内窥镜法、X线摄影法、X线荧光组合法等。而且只用一种方法很难判断。其中X线摄影和X线荧光结合法是一种结论性检验，但鉴定成本太高。一般个人购买的珍珠不采用这种方法鉴定。以下是一些有说服力的天然珍珠和养殖珍珠的鉴别方法。
1.用于珍珠鉴定的x射线照相术
全串珍珠可以通过x光摄影鉴定珍珠来确定。在天然珍珠中，X射线的吸收取决于珍珠层的厚度，因为它是一个均匀的物体。用射线透射的天然珍珠的X射线照片会有几个精细的层，而养殖珍珠中的核与珍珠母的分界非常明显，因为珍珠母核附近的壳基质层透明度很好。淡水养殖珍珠如果没有实心，中心附近往往会出现黑色虫状斑点。
2.珍珠鉴别的内窥镜方法
内窥法可分为单镜法和双镜法，但严重的缺点是要识别的珠子必须单独穿刺才能进行检测。
单窥镜法
用强光源从一侧直接照射珍珠，检查穿孔珍珠的壁。光线通过珍珠墙反射到镜面上，镜面上的光线反射到聚焦显微镜上。如果是天然珍珠，观察者可以看到一层层同心圆，一直到珍珠中心，光线的亮度逐渐减弱；在养殖珍珠的情况下，同心圆的范围似乎是从珍珠母核突然开始，亮度迅速下降。
双镜法
双镜法使用空心针，两个镜子与针的延伸方向成45角，相互成90角。仔细使用这种方法几乎100%有效。
具体方法如下：将空心针安装在强光源前，使光线直接穿过空心针到达第一镜面，光线通过第一镜面反射到穿孔珍珠的壁上。珍珠养殖的话，光会沿着许多平行的层传播，直到穿透薄薄的珍珠母壳；如果是天然珍珠，光线直接穿过打孔的珍珠，直接照在第二面镜子上，反射到显微镜里。这是因为在天然珍珠中，当光线投射到穿孔珍珠的壁上时，光线在珍珠母的同心圆中围绕珍珠传播，开始打到壁上的光线被全反射。
3.珍珠鉴别的荧光方法
荧光法常与X射线法结合使用，两者结合使用得出的结论最为准确。
在x光下，所有养殖的珍珠都会发出荧光。但天然珍珠中，只有淡水天然珍珠和部分澳洲天然珍珠能发出荧光。这种荧光测试结果，加上仔细研究x光照片提供的数据，可以准确地识别珠子和类似的单颗珍珠。
四.珍珠鉴定的x射线衍射法
天然珍珠经X射线照射后，在任何位置产生的衍射图样都具有六次对称性，出现六边形图样的斑点。养殖珍珠只有在一个衍射位置才能产生六个对称图形。在这个位置，如果珍珠旋转90，就会产生一个四次对称图。这种方法的缺点是珍珠母厚度大的养殖珍珠也可能在大部分方向上产生六角形图案，在检测无核淡水养殖珍珠时无法与天然珍珠区分开来。
